COVID-19 大流行对全球公共卫生构成了重大挑战，迫切需要有效可靠的防治方法战胜病毒。截至 2022 年 9 月 12 日，全球已接种超过 120 亿剂疫苗。到 2021 年底，八种基于治疗性中和抗体 (nAb) 的抗 SARS-CoV-2 药物已获得美国食品药品监督管理局 (FDA) 和/或欧洲药品管理局 (European Agency of Medicines) 的紧急使用授权批准。然而，病毒不断进化，产生了许多变种变体。世界卫生组织 (WHO) 将某些毒力增强的变异体（例如 Alpha、Beta、Gamma、Delta 和 Omicron）定义为关注变异体 (VOC) 。其中，Omicron 已经演变成多个子变体：BA.2、BA.3、BA.4 和 BA.5。病毒变体的涌现引起了人们对目前可用的冠状病毒疫苗有效性的担忧。许多研究报道了 Omicron 变体及其亚变体的高免疫逃避能力。因此，系统地分析刺突蛋白突变对抗体结合的影响，以指导广谱抗体的设计至关重要。

在这项研究中，本文首先基于实验结构构建了刺突抗体复合物的结构模型。然后，评估了系统结合自由能（ΔGbinding）和结合自由能变化（ΔΔGbinding），以评估八种 nAb（AZD1061、AZD8895、CT-P59、LY-COV555、LY-COV016、REGN10933、REGN10987）亲和力的差异和 S309）到八种病毒变体（Alpha、Beta、Gamma、Delta、Omicron BA.1、Omicron BA.2、Omicron BA.3 和 Omicron BA.4；BA.4 和BA.5 具有相同的突变）。通过对ΔΔG结合值的分析，设计了一种评分方法来评估病毒变体的免疫逃逸能力。接下来，分析了 ACE2 受体与两种患者来源的抗体（P22A 和 510A5）以及人工设计的抗体模拟物 (AHB2) 结合过程中 ΔG 结合和 ΔΔG 结合的差异。我们还讨论了未来抗体设计的可能方向。我们的结果可能有助于为开发更有效的根除 SARS-CoV-2 及其变体的治疗方法提供宝贵的见解。